Desde el año 2005 hasta el 2014, es profesor asociado de la asignatura de Dibujo Arquitectónico y Sistemas Constructivos (2005-2014) en la  Universidad Pontificia de Salamanca. Arquitectura. Campus de Madrid.

Ha sido profesor invitado en el Máster Oficial en Rehabilitación, Mantenimiento y Recuperación de edificios. Universidad Alfonso X El Sabio. 2008-2010.

Actualmente compagina su labor docente y el ejercicio de la profesión al frente del Estudio Fernández del Amo Arquitectos.

En 1986 es contratado por el Ayuntamiento de Madrid, mediante Concurso, como Arquitecto Jefe de la Sección Técnica de la Junta Municipal de Moncloa, hasta Agosto de 1987, siendo responsable de las Divisiones de Licencias, Obras, Industrias, Vías Públicas y Espacios Verdes.

Contratado de nuevo por el Ayuntamiento de Madrid como funcionario interino, desempeña funciones de Arquitecto Urbanista, Jefe del Negociado de Diseño Urbano de la Sección 2 del Departamento de Planeamiento (desde Febrero del 88 hasta Junio del 88). Jefe de la Sección Técnica de Licencias de la Gerencia Municipal de Urbanismo (Junio del 88 hasta Marzo del 89).

Con la reestructuración en 1989 del Área de Urbanismo, es nombrado Jefe de la Sección de Ordenación del Departamento de Prospectiva y Planificación Urbana, encargándose de los trabajos de Modificaciones Puntuales del P.G.O.U.M. y de los estudios necesarios para la Revisión del mencionado Plan.

Desde 1991 hasta la actualidad se dedica exclusivamente al ejercicio libre de la profesión.

Se estrena en el ejercicio de la profesión en la obra de Regiones Devastadas y en el año 1947 ingresa en el Instituto Nacional de Colonización. Ha realizado poblados en las distintas zonas de su influencia con un concepto urbanístico que partiendo del módulo de la vivienda del colono en el ámbito rural, procura su expansión vital y de convivencia.

En el año 1952 promueve la fundación del Museo de Arte Contemporáneo en Madrid, dejando instaladas unas salas de arte vivo, como primicias de su fondo y la Memoria Institucional para su instauración. Presidió un Curso de Análisis del Arte Abstracto en la Universidad de Verano en Santander en 1953. En el V Congreso de la Unión Internacional de Arquitectos celebrado en Moscú el año 1958, tuvo una gran repercusión la presentación de documentos gráficos del pueblo de Vegaviana (Cáceres). Esta documentación recibe el premio Eugenio d’Ors de la crítica de arte en Madrid, por la exposición presentada en el Ateneo. Junto a otros pueblos recibe el Premio de «Planeamiento de Concentraciones Urbanas» en la VI Bienal de Sao Paulo en Brasil (1961).

Desarrolla la docencia en la cátedra de Proyectos I del tercer curso en la Escuela Superior de Arquitectura de Madrid en los años setenta. Con el grupo de colaboradores constituye el «Equipo 70», Taller de Arquitectura, para entregarse al ejercicio liberal de la profesión con mayor extensión y atención responsable. A partir del año 1980 su actividad se restringe a una colaboración más personal con su hijo Rafael que venía formando parte del Equipo.

El Ministerio de Cultura presenta la exposición FERNÁNDEZ DEL AMO. ARQUITECTURA 1942-1982, en el Museo Español de Arte Contemporáneo de Madrid en septiembre-octubre 1983. Así mismo, la exposición se expondría itinerando durante el año 1984, por los Colegios de Arquitectos de: Barcelona, Bilbao, Alicante, Murcia, Palma de Mallorca, Cádiz y Tenerife.
El Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía presenta la exposición JOSÉ LUIS FERNÁNDEZ DEL AMO. Un proyecto de Museo de Arte Contemporáneo, octubre 1995-enero 1996, en homenaje a su fundador y primer director.

En junio del año 1990 es elegido Miembro de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando.

Fallece el 19 de agosto de 1995 en su casa de Valdelandes (El Barraco, Ávila), rodeado de su familia.